Das Konsistorium war ursprünglich eine untergeordnete Gerichtsversammlung. Ab 1481 wurden seine Beschlüsse als Universitätsbeschlüsse angesehen. 1534 wurde es zum zentralen Verwaltungs- und Gerichtsorgan der Universität aufgewertet. Der Rektor hatte gemeinsam mit dem Kanzler und dem landesfürstlichen Superintendenten, die als proceres consistorii bezeichnet wurden, den Vorsitz im Konsistorium inne. Weiters gehörten die Dekane, die Prokuratoren (Nationsvorsteher) sowie ab 1623 der Rektor des Jesuitenkollegs (bis 1757) dem Konsistorium an. 1752 wurde es in zwei Kollegien aufgegespaltet, und zwar in das Consistorium ordinarium für allgemeine Universitätsangelegenheiten und in das Consistorium in judicialibus für Zivil- und Strafrechtsfälle (dessen Funktion endete mit der Aufhebung der universitären Gerichtsbarkeit 1783). Das Universitätskonsistorium als kollegiales Leitungsgremium der Universität Wien überdauerte in modifizierter Zusammensetzung (unter der Leitung des Rektors) die Organisationsreform 1849, und wurde 1873 vom Akademischen Senat abgelöst.
